普通のページだとwindow.open()は新しいウィンドウをつくる関数らしいです。知りまでした。
今まで、Chrome拡張で使ったことはあるのですが、そっちだと新しいタブを開いてくれたので、何も考えずに使ったら偉いことになりました。なので、わざわざてきとーな拡張のオプションを開いて、そこのコンソールからwindow.openして解決しました。ぬーん。めんどくさい仕様です。