git submoduleは緊急避難としての手段としてはいいんですが，色々やりだすと不便で使いづらい微妙な機能です．なので，submoduleでは物足りなくなった時にどうすればいいのか？みたいなことをここ最近調べてたんですが，
- http://stackoverflow.com/questions/1425892/how-do-you-merge-two-git-repositories
で，知ったsubtree mergeがよさそうです．分かれているリポジトリを特定のディレクトリに統合できる機能だとわたしは理解しています．そのまま，ファイルをコピーしてコミットするなんて手段も一応考えてはいたんですけど，統合元のリポジトリのコミットがちゃんと取り込まれるのはとてもいいです．
ただ，いくつか欠点があって，githubで変更履歴なんかを見る時，マージする時にファイルは移動するので，ファイルが移動すると移動元とゴニョゴニョ…（ノ゜д゜（；￣Д￣）してくれないgithubでは，少し不便を強いられます．頑張れば見れないこともないですが，大変です．それと，マージ元のリポジトリのコミットが全部取り込まれるので，けっこうな数のコミットが加算されて，「うわっ」ってなるので心臓悪いと思います．貧乏人に大金を持たせてはならないのです．